Il est très difficile de décrire en détail la genèse de cet art martial puisqu’il est né dans la clandestinité et donc n’a laissé quasiment aucuns documents pour raconter son histoire. Certains voient la capoeira comme totalement africaine car tout ce qui la constitue existe, ou aurait existé, sous une certaine forme en Afrique. D’autres pensent qu’elle est totalement brésilienne puisque née sur le territoire du Brésil bien qu’ayant pour créateurs des esclaves venant d’Afrique. Cependant la version la plus communément admise est qu’elle est inextricablement afro-brésilienne : pendant l’esclavage au Brésil dès le XVIème siècle, les portugais ont séparés et mélangés différentes tribus africaines pour diminuer les risques de révoltes, différentes populations se seraient retrouvés en contact et de ce regroupement hétéroclite serait né la première forme de capoeira, association de luttes et traditions africaines dans un contexte de société coloniale portugaise au Brésil.
La capoeira exprimerait une forme de rébellion contre la société esclavagiste, les premiers capoeiristes s’entrainaient à lutter en cachant leur art martial sous l’apparence d’un jeu ; ainsi quand les maîtres approchaient, le caractère martial était déguisé par la musique et les chants, le combat se transformait promptement en une sorte de danse qui trompait leur méfiance et leur empêchaient de voir caractère belliqueux de la capoeira. Elle aurait été aussi pratiquée dans les « quilombos », refuges secrets d’esclaves en fuite pour échapper à leur tortionnaires. Le plus connu, « O Quilombos dos Palmares » a tenu plus d’un siècle et a fait l’objet de nombreux chants et son représentant le plus célèbre, Zumbi Dos Palmares est une des figures de la résistance des esclaves africains. La capoeira traduirait également une forme de langage corporel : les premiers esclaves parlant différentes langues l’auraient créé également comme une sorte vecteur de communication entre les différentes cultures. Ce sont les explications les plus souvent émises, de nombreux historiens ont cherchés à expliquer les circonstances de la naissance de la capoeira mais il semble impossible de le faire d’une manière formelle et tangible.
De mieux en mieux connue et définie au cours de l’histoire du Brésil, elle survivra jusqu’à l’indépendance du Brésil en 1822 et l’abolition ( officielle ) de l’esclavage en 1888 mais elle reste tout de même mal vue par l’autorité qui la considère comme dangereuse et l’interdit en créant dès 1890 un délit punissant ceux qui se rendent coupable de capoeiragem : la pratique de la capoeira. Pratiquée notamment par les brigands et malfrats en tout genre, réunis en bandes rivales appelés maltas de capoeira, la capoeira se pratiquait clandestinement dans la rue et les « capoeiristas » ou « Capoeira » causaient des désordres car ils l’utilisèrent régulièrement pour régler leurs comptes dans des affrontements sanglants.
Dans les années 1930, Manuel dos Reis Machado plus connu comme Mestre Bimba fonde la première école de capoeira qu’il appelle le « Centro de Cultura Fisica e Capoeira Regional » à Salvador de Bahia et créé le style de capoeira que l’on nomme « Capoeira Regional ». Ce fait est singulier car à l’époque la capoeira ne s’apprend que dans la rue et dans le vif, s’entrainer à la capoeira dans une salle avec des entrainements codifiés ( dont notamment les fameuses huit séquences de Mestre Bimba ) était nouveau et préfigure des multiples académies qui vont se créer par la suite. La capoeira regional se distingue de la capoeira traditionnelle car Mestre Bimba y intègrera des éléments de « Batuque », une lutte africaine que pratiquait son père, et d’autres éléments venus d’arts martiaux étrangers pour en faire une lutte différente de la capoeira traditionnelle. Un de ses souhait est aussi de nettoyer l’image de la capoeira en la dissociant du banditisme et des problèmes de délinquance de la société brésilienne de l’époque. Pour cela, il n’accepte dans son académie que des individus pouvant certifier d’un travail honnête : ainsi la première génération d’élèves se trouvent être majoritairement des jeunes blancs aisés et de bonne famille ce qui à l’époque était une forme de respectabilité. En 1952 il réussi à attirer l’attention du président brésilien de l’époque, Getulio Vargas, et fera une démonstration à la suite de laquelle le président affirmera que la capoeira est le “véritable sport national”. C’est un des évènements qui permettra à la capoeira de sortir de sa clandestinité et de s’affirmer de nos jours comme la seconde activité sportive la plus pratiquée par les brésiliens après le football.
Totalement à contre pied de Mestre Bimba, Vicente Ferreira Pastinha plus connu comme Mestre Pastinha incarnera le courant qui souhaite conserver dans une certaine mesure la capoeira traditionnelle, elle s’appellera « Capoeira Angola ».
Avec l’essor de la capoeira, le Brésil a vu apparaître de nombreux groupes et vers 1970, un groupe qui souhaitait pratiquer la capoeira a créé un système de cordes à l’image des ceintures de couleur des arts martiaux asiatiques. Néanmoins, il n’y a pas d’uniformité entre les différents groupes de capoeira en ce qui concerne les couleurs des cordes. Chaque groupe a un classement de couleur qui lui est propre. La plupart du temps, la première corde est la blanche, qui représente la virginité et à qui on doit tout apprendre, mais parfois, cela peut être vert clair en signe d’un fruit qui n’a pas encore atteint maturité. Dans certains groupes la corde blanche est celle des « Maîtres » eux-mêmes. Cela prouve les différences parmi les groupes.
Les années 1980 et le renouveau des mouvements de conscience noire ont favorisé l’apparition des groupes qui cherchaient à se rapprocher de la tradition. Dans les mêmes années, des professeurs de capoeira se sont installés un peu partout dans le monde.
Au niveau international, la discipline de la capoeira est majoritairement organisée en groupes, eux-mêmes composés d’académies et d’écoles. Chaque groupe possède ses propres aspirations, pratiques et coutumes, tout en conservant la base culturelle commune de la discipline